A Secretaria de Controle Interno tem como objetivos o auxílio no cumprimento das normas e regulamentos próprios e de outros, visando dar legitimidade aos atos praticados pela Administração; a fiscalização sobre o cumprimento das metas estabelecidas; o atendimento aos órgãos de controle externo; o acompanhamento das receitas e despesas do município; a verificação do cumprimento dos limites obrigatórios; a apuração, através de auditorias, de fatos que possam resultar em danos ao erário; o acompanhamento da execução orçamentária e financeira; dentre outras pertinentes ao controle interno. A Secretaria Municipal de Controle Interno é um órgão de assessoramento e sua existência decorre de uma exigência legal. Seu papel fundamental é focado principalmente na prevenção de erros, falhas, omissões e fraudes. Busca, com isso, garantir a integridade das informações prestadas aos órgãos de fiscalização, como Tribunais de Contas, Câmaras, Ministério Público e etc. As ações do controle interno são disciplinadas através da Constituição Federal (arts. 31,70 e 74), Constituição do Estado, Lei Federal nº. 4.320/64, Lei Orgânica do TCE/MA; Lei Orgânica do Município e Lei Complementar nº. 101/2000 – LRF.